In het tweede onderdeel wordt besproken hoe de processtappen in het MIRT plaatsvinden. Het MIRT-proces is een systematische manier om van probleem tot oplossing te komen en via een aantal vaste stappen naar besluitvorming toe te werken. De rol van de MKBA en andere instrumenten voor het verkrijgen van beslisinformatie worden toegelicht. 

In het derde onderdeel wordt ingegaan op de probleemanalyse en hoe verschillende beleidsalternatieven kunnen worden opgesteld als oplossingsrichtingen voor de problematiek. Hierbij wordt tevens ingegaan op de rol die toekomstscenario’s spelen. 

In het vierde onderdeel beschrijft de werkwijzer hoe effecten van projecten moeten worden geïdentificeerd. Het onderdeel gaat in op richtlijnen en adviezen die van algemeen belang zijn bij de identificatie van effecten in een MKBA in een MIRT-verkenning. Ook wordt er aandacht besteed aan de wijze waarop brede welvaart kan worden meegenomen in, en aanvullend op, de MKBA. 

Vervolgens wordt in onderdeel vijf toegelicht hoe effecten kunnen worden gekwantificeerd en in geldwaarde worden vertaald; het monetariseren van effecten. 

Onderdeel zes gaat nog een niveau dieper in op de waardering van specifieke effecten. Het gaat onder meer over bereikbaarheidseffecten, accijnzen, beleving/comfort, natuur, kwaliteit van de leefomgeving en veiligheid. 

Onderdeel zeven behandelt het bepalen van baten voor verschillende beleidsterreinen (domeinen) die in MIRT-verkenningen aan de orde komen. Relevante effecten in MKBA voor beleidsalternatieven voor mobiliteit, water en gebiedsontwikkeling worden geïdentificeerd. Ook wordt ingegaan op specifieke punten voor het kwantificeren en monetariseren van deze effecten binnen de genoemde beleidsterreinen.

Onderdeel acht beschrijft hoe in de MKBA kosten van aanleg en beheer/onderhoud over de hele levenscyclus moeten worden berekend. 

De toekomst is onbekend en hoe een project effecten in de toekomst zal krijgen, is onzeker. Hoe als opsteller van een MKBA om te gaan met onzekerheid wordt besproken in onderdeel negen

Onderdeel tien vormt het slot waarin de presentatie van de resultaten van een MKBA wordt toegelicht. Een heldere en evenwichtige manier van presenteren is essentieel voor de besluitvorming.