In de MKBA dient te worden gerekend met zogenaamde consistente prijzen. Dat zijn prijzen die op vergelijkbare manier berekend zijn voor de verschillende kostenposten. De afspraak is om projecteffecten te waarderen op basis van marktprijzen, dat wil zeggen inclusief btw en andere kostprijsverhogende belastingen. Is het btw-percentage niet bekend, dan kan gebruik worden gemaakt van een gewogen gemiddeld percentage.
Daarnaast wordt geen rekening gehouden met inflatie gedurende de zichtperiode (zie Discontovoet, prijzen en inflatie).