Subsidies worden veelal gebruikt om duurzame mobiliteit te bevorderen. Bij niet-infrastructurele maatregelen (en ov) zijn deze regelmatig aan de orde. Ook worden er bijvoorbeeld subsidies verleend voor natuurontwikkeling en beheer in het kader van het Subsidiestelsel Natuur en Landschap (SNL). Het verdient aanbeveling scherp te zijn op de wijze waarop subsidies terugkomen in de MKBA. Subsidies dienen te worden geschrapt uit de post ‘kosten’. Subsidies verlagen immers de uitgaven van een maatregel voor de initiatiefnemer, maar niet de kosten van een maatregel in de zin van verbruikte productiemiddelen. Bij een overzicht van de verdeling van de kosten en baten voor de verschillende betrokkenen komt een eventuele overheidsbijdrage weer in beeld als een overdracht tussen overheid en initiatiefnemer.